شیخ بهایی در 17 یا 27 ذی الحجه سال 953 ﻫ.ق در روستای بعلبک از توابع جبل عامل لبنان به دنیا آمد و تحت تعالیم پدر خویش «عزالدین حسین» قرار گرفت و پس از آن در پی کسب علم در اکثر علوم در سن 48 سالگی به همراه همسر و فرزند 13 ساله اش بهاءالدین محمد، به ایران مهاجرت نمود و در اندک مدتی در قلمرو حکومت صفوی از منزلت و اعتبار خاصی برخوردار گردید، اما جالب است بدانید که وی علاوه بر تالیفات فراوان و تربیت شاگردان فراوان، ساخته ها و بناهای شکوهمندی نیز از خود به یادگار نهاد که هر یک به نوعی آیینه ی تمام نمای فکر و دانش وی بود، چنانچه زهرا بانو زواره این آثار را چنین معرفی می نماید.

مسجد شاه اصفهان
این مسجد که اکنون مسجد امام خمینی (ره) نامیده می شود، از شاهکارهای معماری قرن 11 ﻫ.ق است. شاه عباس اول در سال 1020 ﻫ.ق که با بیست و پنجمین سال سلطنت وی مصادف بود، در یکی از روزهایی که درباریان و روحانیان، از جمله شیخ بهایی، در ایوان کاخ عالی قاپو نشسته بودند، با اشاره دست، ضلع جنوبی میدان نقش جهان را به شیخ بهایی نشان داد و گفت: «جناب شیخ! بر این انگشتری زیبا، جای نگینی خالی است.»
بعد با تلاوت آیه 18 از سوره توبه: «إنّما یَعمر مَساجد الله من آمَن بالله وَ الیَوم الآخر...»، منظور خود را به وی فهماند.
هر چند شیخ نیز با تلاوت آیه 114 از سوره بقره: «وَ مَن اظلَم ممّن منّع مَساجد الله أن یذکر فیها اسمه...»، جواب شاه را داد، اما همین محاوره مختصر، مبنای ساخت یکی از بزرگ ترین و زیباترین مساجد اسلامی در طول تاریخ بود.
کم کم طرح و نقشه مسجد بزرگ شاه، در ضلع جنوبی «میدان نقش جهان» اصفهان، توسط شیخ بهایی و بنا به توصیه شاه عباس صفوی تهیه و معمار بزرگ و توانای آن عصر، استاد علی اکبر اصفهانی، برای ساخت آن انتخاب شد.
در جریان ساخت مسجد، شاه صفوی بیش از همه شخصاً در محل حاضر می شد و از نزدیک به پیشرفت کار نظارت می کرد. شاه، بیش از حدِ لازم بر سرعت عملیات اصرار می ورزید. اما همان گونه که در تاریخ ثبت است، عملیات پایانی احداث مسجد، حدود 10 سال پس از مرگ شاه تحقق یافت؛ چنان که از دوره جانشینان وی، یعنی شاه صفی و شاه عباس دوم نیز آثاری در آن موجود است.

دیوار نجف و ساعت ظِلّی
از آثاری که به شیخ بهایی منسوب است، تعمیر و به قولی ساخت دیوار صحن حضرت امیرمؤمنان (ع) در نجف اشرف و ساخت شاخصی برای تعیین اوقات است که به «ساعت ظلی» معروف شد.
محمد بن سلیمان تنکابنی می نویسد: «تعمیر حصار دور صحن حضرت امیرالمؤمنین (ع) از طراحی او [شیخ بهایی] است؛ به نحوی که هر وقتی که آفتاب به زیر دیوار آن حصار آید، آفتاب ظهر است؛ در هر فصلی از فصول [که] باشد».

حمام شیخ
مشهور و معروف است که شیخ بهایی، طرح و نقشه ساخت حمامی در محله دردشت- نزدیک بقعه معروف به «درب امام»- اصفهان را تهیه کرد و به شخصی به نام استاد علی معمار سپرد تا به اتفاق گروهی از زبده ترین بناها و کارگران کاردان، با نظر و راهنمایی خود شیخ بسازند. در مراحل کار، شیخ هر روز چندین مرتبه به بازدید ساختمان حمام می شتافته و هر بار متناسب با پیشرفت کار، دستورات جدیدی به استاد معمار می داده است.
بالاخره، کار اصلی ساخت و ساز به پایان رسیده و تنها طرح ساخت «گلخن» آن باقی مانده بود. شیخ و استاد معمار بارها درباره شیوه عمل گلخن با هم گفت و گو کرده و سرانجام در یکی از نشست های مشورتی، استاد معمار رو به شیخ گفته است: «جناب شیخ! محفظه درونی گلخن، ظرفیت احتراق کامل را ندارد؛ بر حجم آن بیفزاییم تا فضای کافی برای چرخش شعله حاصل شود و نصیب کافی به گرم کردن دیگ اصلی برساند.
شیخ پاسخ داده است: «استاد! حجم وسیع فضای گلخن به کار حمامی می آید که پشته پشته بوته در آن ریزند آتش آرایند. گلخن منظور ما به فضای محدود بیشتر از چند شمع، نیازی ندارد. به علاوه، احتراق چوب، بوته و زغال، ناقص است و بهره کافی حاصل نمی شود و آن چه به دست می آید نیز در فضای اطراف به هَدَر می رود. کار حفظ گرمای حاصل ضرورت دارد و با عایق بندی و استتار لازم و مناسب، این مشکل برطرف می شود.»
به راستی، گلخن حمام شیخ چه خصوصیتی داشت که بی نیاز از چوب و بوته و زغال، کار احتراق در آن به خوبی صورت می گرفته و سال ها بی نیاز از سوخت های مرسوم، حمام را گرم نگه می داشته است؟
گذشته از تمام افسانه هایی که در مورد نحوه عملکرد حمام شیخ در طول چهارصد سال گذشته ابراز شده، تنها مطلبی که قابل ذکر و قبول است، این که شیخ بهایی با استفاده از فرمول های ریاضی و فیزیک و تلفیق تجربه با آن، اصول حفظ و نگه درای انرژی و جلوگیری از هدر رفتن گرمای حاصل، همراه با تولید انرژی از تجزیه آب و به کارگیری سیستم مناسب عایق بندی و غیره، موفق شد سال های سال گلخن حمام معروف خود را بدون استفاده از سوخت های حجیم مرسوم در سایر حمام ها گرم نگه دارد و آن را به افسانه ای مبدل کند.

مرمت رصدخانه مراغه
شاه عباس اول در مسافرتی که به نواحی شمال، قفقاز و قره باغ داشت، از شهر مراغه و رصدخانه معروف آن نیز دیدن کرد. شاه از دیدنِ ویرانی رصدخانه متأثر شد و پس از بازگشت، شیخ بهایی را به همراه جمعی از اهل فن، از جمله علیرضا خوش نویس و جلال منجم، به مراغه گسیل داشت. شیخ و همراهان او پس از عزیمت به مراغه، بی فوت وقت کار مرمت و بازسازی مجدد رصدخانه را آغاز کردند. چنان که در تاریخ مذکور است، در ماه ربیع الاول 1018 ﻫ.ق در مراغه بودند و سرانجام بر اثر محاسبات علمی و ریاضی شیخ بهایی، علاوه بر مرمت بنای رصدخانه، مراحل تجهیز و اصلاح علمی و فنی آن نیز با موفقیت به انجام رسید و بار دیگر این مرکز بزرگ علمی، دوران شکوفایی و جلال خود را بازیافت.

شهر نجف آباد
درباره آثار به جای مانده از شیخ بهایی، روایات و اقوال و افسفانه های زیادی در زبان عوام جریان دارد که از جمله آن ها ایجاد شهر نجف آباد است. در این مورد چنین نوشته اند: وقتی کاروانی، موقوفات حرم مطهر حضرت امیرالمؤمنین (ع) را به نجف اشرف حمل می کرده، در اولین منزل، یعنی محل فعلی نجف آباد، شیخ بهایی مولا علی (ع) را در خواب زیارت نموده و حضرت به او فرموده است که از محل وجوهات این محموله، شهری در همان محل ساخته شود. آن گاه شیخ دستور داد امتعه کاروان را فروختند و از درآمد حاصل، هزینه ایجاد و ساختمان شهر کوچکی به نام نجف آباد را پرداختند.
طراحی و معماری و شیوه شهرسازی نجف آباد که شیخ بهایی صورت داده، نه تنها در آن زمان بی نظیر بوده، بلکه اینک پس از گذشت قریب چهار قرن هم چنان مطلوب و مورد توجه است. بنای کوچه ها و محله ها از شیوه بسیار پیشرفته علمی پیروی می کند، به طوری که هنوز هم رفت و آمد در کوچه های عمومی شمالی، جنوبی، شرقی و غربی شهر، به صورت بسیار ساده و راحت صورت می گیرد.

کاریز نجف آباد
این کاریز از بزرگ ترین قنات های ایران و طول آن از ابتدای مظهر قنات تا انتهای آبخور آن، بیش از 9 فرسنگ و به قنات «زرین کمر» معروف است. از این کاریز، یازده جوی بزرگ منشعب می شود و هنوز هم شیوه توزیع آب آن مورد استفاده و عاری از هر گونه خطا و اشتباه در محاسبه است و همه کشاورزان از آن تبعیت می کنند. این روش توزیع، چنان است که هم اکنون نیز آب های کمکی حاصل از چاه های الکتریکی (پمپ ها) یا کانال های آبیاری را از طریق همین جوی ها تقسیم و توزیع می کنند.

مسجد شیخ لطف الله
این مسجد نیز از زیباترین بناهای دوران شاه عباس است که کار ساخت آن از 1011 ﻫ.ق آغاز و در سال 1208 پایان پذیرفته است. مسجد در بخش شرقی میدان امام و روبه روی بنای عالی قاپو ساخته شده است. معروف است که شاه عباس آن را به منظور نمازگزاری پدرزن خود که از روحانیون برجسته آن دوره بوده ساخته و به اسم او (شیخ لطف الله) کرده است.
بنای مسجد بارها تعمیر و مرمت شده است. کتیبه زیر گنبد به خط علیرضا عباسی و به سال 1205 ﻫ.ق مربوط است. زیر گنبد شبستانی است که در وسط آن چهار ستون مدور قرار دارد که در حقیقت، نگاه دارنده بنیان گنبد است.
این مسجد فاقد صحن و مناره و به منزله یک شبستان گنبددار است که رواقی مجلل آن را به میدان امام مربوط می کند. کاشی کاری داخل و خارج گنبد آن از نفیس ترین نوع کاشی کاری معرق است. گنبد این مسجد، از جهت تناسب و زیبایی، بدون شک زیباترین گنبدی است که تاکنون ساخته شده است. شیخ در اتمام بنای این مسجد و به خصوص کتیبه زیبای سر در آن و شعر رسای عربی که بر آن منقوش است، دست داشته است.

منارجنبان (منار جم جم)
برخی، ساخت منارجنبان اصفهان (که بر سر راه اصفهان به نجف آباد واقع است- را نیز به شیخ بهایی نسبت می دهند. خصوصیت این منارها چنان است که اگر یکی را بجنبانند، منار دیگر و به تبع آن کل ساختمان، دچار لرزش خواهد شد.
این بنا به صورت یک بقعه و دو مناره روی مقبره عمو عبدالله- از زهاد معروف قرن هشتم هجری- بنا شده است. سنگ قبر آن به تاریخ 716، با اواخر سلطنت سلطان محمد خدابنده، ملقب به اولجایتو، ایلخان مسلمان مغول مقارن است. ایوان منار جنبان یکی از ابنیه سبک مغولی در ایران است و مناره ها بعداً در تاریخی که درست معلوم نیست، به ایوان مزبور اضافه شده است.

تقسیم آب زاینده رود (طومار شیخ بهایی)
از دیرباز آب زاینده رود کفاف شرب و کشاورزی اصفهان و نواحی اطراف را نمی کرد و چه بسا کمبود آب موجب درگیری بین مالکان و کشاورزان می شد. تقسیم نادرست آب و زیاده خواهی مالکان بزرگ و زورمندان، مهم ترین علت این تشنجات بود.
از آن جا که طرح پیوند دادن آب دو رودخانه کوهرنگ و زاینده رود- از مشهورترین طرح های مهندسی شاه عباس اول- به دلیل ناکافی بودن فناوری موجود در آن عصر، به شکست انجامیده بود، شیخ بهایی چاره را در این دید که به تقسیم علمی و عادلانه آب موجود میان قرا و قصبات بپردازد تا بلکه مقدار زیادی از مناقشات برطرف شود.
شیخ بارها در درس با شاگردانش موضوع را در میان گذاشت و از آرای آن ها استفاده کرد. سرانجام به همراه یک نفر از آنان، به سراغ رودخانه رفت و از جای جای آن به طور دقیق بازدید کرد و هر بار چیزهایی روی کاغذ نوشت. سرانجام با ترتیب دادن تقسیم نامه ای که بسیار علمی و فنی پرداخته شده بود، آب رودخانه را به 33 سهم و سپس آن را به 275 سهم و میان 13 نهر (مادی) تقسیم کرد و سهم اشخاص و قرا و قصبات و زمین ها را معین فرمود، اما مالکان بزرگ، بدین تقسیم عادلانه، روی خوش نشان ندادند و تهدیدها شروع شد. شاگرد شیخ که در این کار، یاور شیخ بود، کتک خورد و تهدید به قتل شد.
باری، این تقسیم آب که به «طومار شیخ» معروف است، به حدس قوی، تا اواسط ایام صفویه موجود بود، ولی به واسطه عملی نشدن آن یا برخی مصالح دیگر، مفقود شد و فرمانی و طومار دیگری با همان عنوان و با عبارات امروزی انشا کرده اند که هم اکنون موجود است. با این حال، عده زیادی بر این باور مصرّند که تقسیم کنونی به دست شیخ بهایی انجام یافته و ترتیبی بهتر از آن نمی شود!